А пути проверяли в которые программа пишет сами торренты и торрент файлы, там все нормально? возможно какие-то непонятки у utorrent с буквами дисков, например раньше все писалось на диск D (на старой винде) а сейчас на E (на новой) к примеру, еще насколько помню при бэкапе нужно учесть чтобы версии utorrent совпадали, какая была на старой ОС такая должна быть и на новой, потом если что можно обновиться