Потому что признание «иностранным агентом» (зарубежным представителем) ограничивает деятельность организации. Ограничения никому не нравятся.
Давайте заодно проведём ревизию, кто из наших учёных получал нобелевскую (читай, западную) премию, или кто из наших режиссёров был отмечен на западных (читай, гейропских) кинофестивалях.
Я же говорю, охота на ведьм в чистом виде.